Внутриполитическая обстановка в Киргизии, несмотря на нормализацию обстановки в столице и во всей северной части страны, остается крайне нестабильной.
Как известно, Курманбек Бакиев, отказавшийся подавать в отставку и передавать власть временному правительству, находится на юге в целях консолидации своих сторонников. По имеющейся информации, в селе Ырыс Джалал-Абадской области 12 апреля 2010 года прошёл митинг сторонников Бакиева численностью около 2 тыс. человек. Участники митинга выразили полную поддержку всем предпринимаемым шагам опального президента.
Аналогичный митинг был проведен в городе Джалал-Абад (областной центр) 13 апреля, при этом на главной площади города собралось около 5 тыс. человек, что говорит о масштабности явления. По сообщениям СМИ, присутствующие встретили Бакиева аплодисментами и транспарантами в его поддержку. Выступившие на митинге приближенные Бакиева (в основном госчиновники областного уровня, а также братья в том числе и Жаныш Бакиев) призвали население к поддержке «действующего и легитимного президента». Как особо отметил экс-губернатор Джалал-Абадской области Кошбай Масиров, «надо верить своим глазам и тому, что было реально сделано за 5 лет». Сам Курманбек Бакиев в конце митинга обратился к депутатам пропрезидентской партии «Ак-Жол» с просьбой возобновить исполнение своих обязанностей и оправдать доверие народа.
В своих выступлениях и интервью различным информационным агентствам и каналам Курманбек Бакиев не раз назвал все происходящее в стране «настоящим бандитизмом». На фоне планируемой спецоперации по захвату Курманбека Бакиева, о которой объявило временное правительство в Бишкеке, сам он выказал решимость к вооружённой борьбе в случае попытки его физического устранения. Вкупе с заявлением Бакиева о возможном переносе столицы в Джалал-Абад или Ош это грозит закреплением фактического раскола страны на северную и южную части. Динамика развития событий и реакция населения на них и так обнаруживают открытое разделение по линии «север - юг». Как известно, власть Бакиева опиралась в основном на поддержку политической элиты южных киргизских кланов, и сейчас, после совершённого в столице переворота, у южан появляются реваншистские настроения. Дальнейшее развитие этих тенденций может создать условия для возгорания межнациональной розни, опасность которой усугубляется наличием большой узбекской диаспоры на юге Кыргызстана.
Действия временного правительства во главе с Розой Отунбаевой на сегодняшний день, после отмены всех инициатив прежнего руководства (различные повышения тарифов и структурные изменения в системе госорганов: Секретариат Президента, Президентское совещание, Государственное министерство иностранных дел и т.д.), в основном сосредоточены на нейтрализации Бакиева и его сторонников. Одновременно временное правительство предпринимает все меры для возобновления работы государственных ведомств и подготовки законного оформления отставки К.Бакиева. 12 апреля был подписан декрет о лишении президентской неприкосновенности К.Бакиева и возбуждении в отношении него уголовного дела. Конституционный суд как орган причастный, по словам и.о. генерального прокурора А.Бекназарова, к «укреплению власти как Бакиева, так и Акаева» распущен в целях предотвращения «дестабилизации обстановки».
Временное правительство дало старт преобразованиям во внутриполитической сфере. Первый заместитель главы нового правительства А. Атамбаев заявил о намерениях установления в республике парламентской формы правления. Проведен ряд кадровых назначений на посты руководителей государственных ведомств. Это процесс продолжается, по состоянию на 13 апреля 2010 можно назвать следующие новые фигуры во власти: Эльмира Ибраимова - координатор по социальному сектору, связям с общественностью и СМИ Временного правительства; Дамира Ниязалиева — и.о. министра здравоохранения; Осмонбек Артыкбаев— и.о. министра энергетики; Азимбек Бекназаров — и.о. Генерального прокурора; Эдиль Байсалов - руководитель Аппарата председателя Центрисполкома Розы Отунбаевой; Рыскелди Момбеков — и.о. министра культуры; Кубанычбек Орозбаев — заместитель и.о. министра обороны; Эркин Булекбаев— и.о. председателя службы финансовой полиции; Кубан Кулматов — и.о. председателя Таможенной службы; Чолпонкул Арабаев - и.о. председателя Кадровой службы; Алмамбет Шикмаматов — и.о. председателя Государственной регистрационной службы; Айбек Турганбаев — и.о. военного прокурора (экс-председатель Службы исполнения наказаний); Нуралиев Таалайбек — и.о. председателя Службы исполнения наказаний; Касымалиев Адылбек — и.о. председателя Налоговой службы; Кубанычбек Момбеков - и.о. председателя Верховного суда; Мукан Абылгазиев - и.о. председателя Социального фонда; Темиркан Береналиев - и.о. председателя Государственных материальных резервов; Болот Элебесов - и.о. председателя Фонда обязательного медицинского страхования. Отозваны со своих постов послы Кыргызстана в России, Соединенных Штатах и Германии.
На фоне разочарования в предшествующих режимах и краха идей развития на принципах демократии возникает общественный запрос на моральные принципы в политике. В свете обещаний временного правительства ввести парламентскую форму правления можно прогнозировать рост числа партий, сдвиги в идеологических платформах этих партий, обращение не только к национальным, но и к религиозным идеям. При многонациональном составе общества религия является одним из наиболее мощных инструментов консолидации в условиях возможного раздела Киргизии по линии север - юг. И в дополнение к прочему, всё это открывает большое пространство для манёвров таким странам, как Турция, Иран и Саудовская Аравия, выступающим с собственными проектами политической трансформации не только Кыргызстана, но и Центральной Азии в целом.