Руководство Киргизии попыталось сгладить обозначившиеся противоречия в отношениях с Россией. Первым об этих противоречиях заговорил президент России Д. Медведев, который, находясь 12 февраля на совещании по энергетике в Омске, заявил, что не намерен «затягивать искусственным образом» в создаваемое на базе Таможенного союза Единое экономическое пространство Киргизию и Таджикистан («...по некоторым из этих стран у нас есть вопросы», - отметил российский президент). Позднее представители посольства РФ в Киргизии пояснили, что претензии России касаются нецелевого использования российских кредитов, предоставленных Киргизии весной 2009 г. Сыграло, видимо, свою роль и нежелание Бишкека ликвидировать американскую военную базу в аэропорту Манас, а также стремление заменить РФ в ряде ключевых проектов Китаем.
Под вопросом российский кредит в размере 1,7 млрд. дол., предназначенный для завершения республиканского мегапроекта – Камбаратинской ГЭС-1. По словам первого секретаря посольства РФ в Бишкеке Виталия Скринника, нежелание Москвы предоставлять этот кредит обусловлено нецелевым использованием двух предыдущих кредитов в размере 450 млн. долл., которые пошли на создание инвестиционного фонда, предназначенного для кредитования коммерческих проектов. Для киргизского руководства такой поворот событий, судя по всему, стал неожиданностью, так как еще 29 декабря в интервью «Комсомольской правде» посол РФ в Киргизии Валентин Власов утверждал, что, несмотря на трудности с выделением средств, вызванными экономическим кризисом, все договоренности по кредиту остаются в силе.
Преодолеть разногласия был призван визит в Москву премьер-министра Киргизии Данияра Усенова. 27 февраля он принял участие в одиннадцатом заседании Межправительственной Российско-Киргизской комиссии по торгово-экономическому, научно-техническому и гуманитарному сотрудничеству, которую с российской стороны возглавляет министр энергетики С. Шматко. В России итоги этих переговоров, включавших более 40 вопросов сотрудничества в области электроэнергетики, газовой сферы, промышленности, агропромышленного комплекса, транспорта, миграции, в гуманитарной сфере, чрезвычайных ситуаций, остались почти незамеченными. В Бишкеке же результаты переговоров Д.Усенова в Москве попытались представить как доказательство отсутствия в отношениях с Россией существенных противоречий.
На переговорах, в частности, была подписана программа экономического сотрудничества на 2010-2013 годы, которая предусматривает около 60 мероприятий в сферах торгово-экономического, научно-технического и гуманитарного сотрудничества. Россия и Киргизия договорились развивать сотрудничество в нефтегазовой отрасли, создав в ней совместное предприятие путем продажи части акций ОАО «Кыргызгаз» «Газпрому», а также активизировать до конца 2011 года реализацию программы геологического изучения недр на площадях «Кугарт» и «Восточное Майлису IV». По словам Данияра Усенова, «помимо технического перевооружения и улучшения менеджмента это даст республике еще ряд преимуществ», так как «"Газпром" может обеспечить более выгодные для местных потребителей тарифы на рынке».
Киргизский премьер постоянно подчеркивал дружественный характер отношений с Москвой и отсутствие неразрешимых проблем. По его словам, «развитие торгово-экономических связей с Россией остается приоритетным для Кыргызстана» и имеет для него «огромное значение», поскольку «Кыргызстан был и остается последовательным союзником России». В товарообороте Киргизии на долю России, по его данным, приходится около 30%, причем в докризисном 2008 г. объем торговли, сократившийся в прошлом году почти на треть, достиг 2 млрд. долл. Отвечая на вопрос киргизского информационного агентства «24kg» об охлаждении отношений с РФ, Данияр Усенов заявил, что «оснований для ухудшения отношений между Кыргызстаном и Россией нет», о чем свидетельствуют результаты заседания межправительственной комиссии, а все иные мнения на этот счет безосновательны.
Однако главная цель визита – решение вопроса о выделении кредита на строительство Камбаратинской ГЭС-1 – достигнута не была. По словам Д. Усенова, Россия готова финансировать проект только после его технико-экономического обоснования (ТЭО) и проведения экспертизы, к которой, возможно, привлекут Всемирный банк. И только после этого будет определен банк, через который пойдет финансирование проекта. О необходимости экспертизы проекта строительства Камбаратинской ГЭС-1 Всемирным банком в Москве заговорили впервые. Ранее ни о какой международной экспертизе проектов строительства крупных ГЭС в Киргизии и Таджикистане, которые планирует финансировать Россия, не упоминалось. На этом, однако, категорически настаивает Узбекистан, опасающийся последствий строительства ГЭС для своего сельского хозяйства и водоснабжения населения.Стремление не обострять отношения с Узбекистаном, который уже покинул ЕврАзЭС и все более дистанцируется от ОДКБ, ориентируясь на развитие отношений с США и ЕС, вряд ли является единственной причиной недовольства Москвы. Не исключено, что основное здесь - «многовекторная» внешняя политика Бишкека и Душанбе, которые стремятся усидеть сразу не нескольких стульях, имея в виду Россию, США, Евросоюз и Китай. Такое поведение партнеров по СНГ, претендующих на выделение крупных российских кредитов, вызывает у Москвы закономерные вопросы.
В самой Киргизии итоги визита Д. Усенова были восприняты как провальные. Что же касается договоренностей по развитию торгово-экономического сотрудничества, особенно в нефтегазовой сфере, то достигнуты они были еще при прежнем премьер-министре И. Чудинове. Реальных подвижек в этом направлении при новом премьер-министре не видно. Суммируя итоги визита, киргизские СМИ писали, что «отношения Кыргызстана и России фактически зашли в тупик», причем виновата в этом киргизская сторона, которая не выполняет достигнутые с Россией договоренности. О неудаче визита Д.Усенова говорит и нежелание Москвы видеть Киргизию в составе Таможенного союза, скрывающееся под заявлениями Сергея Шматко о том, что вступлению должна предшествовать «кропотливая работа по изучению всех возможных последствий этого шага».
В ответ на это Бишкек, по некоторым предположениям, готовится предложить российским военным покинуть авиабазу в Канте. Утверждают, что к этому приложили руку американские спецслужбы, плотно опекающие отдельные структуры в администрации президента Киргизии. Так или иначе, российская авиабаза в Канте с 1 марта изменила принцип комплектования. Члены семей офицеров, ранее проживавшие на авиабазе, покинут её, а военные из России будут служить в Канте не более года.