Заключённая в 1569 году Люблинская уния, с одной стороны, ознаменовала пик могущества Польского государства, выразившийся в образовании Речи Посполитой, с другой - явилась «началом конца», так как стала спусковым механизмом католического прозелитизма и притеснения православия, что, в конце концов, вылилось в казацко-крестьянскую войну 1648-1651 годов, которая нанесла Речи Посполитой такой урон, от которого польское государство так и не смогло оправиться.
Люблинская уния открыла путь католической экспансии. Воспользовавшись решением Ферраро-Флорентийского собора 1439 года, на котором была провозглашена уния восточной и западной церквей, Ватикан и польское католическое духовенство начали продвигать решения собора в Речи Посполитой. Там в 1587 году на трон взошёл Сигизмунд III, правивший 45 лет (до 1632 года). Этот польский король был воспитан иезуитами. Современники отмечали его фанатизм, которым король выделялся даже на фоне других фанатиков своего времени. Сигизмунд III прекрасно понимал, что прямое столкновение, особенно военное, с лидером православных Константином Острожским и его сторонниками будет непредсказуемым по своим последствиям, но вместе с тем постоянно и целенаправленно укреплял католицизм. Протестантам и православным, несмотря на юридическое равенство с католиками, был закрыт доступ к сенаторским креслам (за исключением К.Острожского, обладавшего огромным богатством и влиянием, который к тому же поддержал Сигизмунда III при его восшествии на престол), дигнитарствам, урядам, староствам и другим должностям. На все высшие и средние государственные должности назначались католики. В судебных и иных спорах судьи чаще всего также принимали сторону католиков, отказывая православным даже в их законных требованиях.
Между тем до восшествия на престол Сигизмунда III позиции православия на территории Белоруссии в Великом Княжестве Литовском, Русском и Жемойтском были чрезвычайно сильны. В первой половине XVI века православными были 23 княжеских и 42 шляхетских рода. Среди них такие знаменитые магнаты, как Тышкевичи, Острожские, Чарторыйские, Сапеги. Только при Сигизмунде I на землях ВКЛ было построено почти 90 православных храмов. Даже в Вильно, оплоте католицизма в ВКЛ, при 14 католических костёлах было 17 православных церквей. В Новогрудке количество православных храмов в 10 раз превышало количество костёлов. В Полоцком и Витебском поветах было всего по одному костёлу, а на востоке (Мстиславские, Оршанские, Могилёвские земли) католических храмов не было вовсе. Между тем католики активно осваивали западные земли Белоруссии. Особенно прочные позиции занимали католические ордена францисканцев, августинцев и бернардинцев. В Гродненском повете было 19 католических парафий, в Новогрудском – 20, Минском – 16, Волковысском -15, Слонимском – 7, в Оршанском, Витебском и Полоцком – по 1. Решающую роль в наступлении католичества играли великий князь и его католическое окружение. Католикам раздавались многочисленные земли в ВКЛ. Православные же вынуждены были довольствоваться сохранением того, что у них было. Так же обстояло дело и с церковью – католическая получала богатые землевладения от государства, а православная – лишь то, что ей жертвовали её приверженцы.
Незадолго до Люблинской унии в 1564 году на ниве борьбы с реформацией и протестантами в Княжестве появляются иезуиты. С.Будный называл их «чёртовым семенем». Поначалу иезуиты довольствовались просветительской деятельностью, но при Сигизмунде III стали играть значительную роль. Под их давлением ряд старинных православных родов (Сапеги, Зборовские, Вишневецкие и др.), поначалу перешедшие в протестантизм, вернулись в католичество.
В 1596 на Брестском соборе, несмотря на активное противодействие при его подготовке со стороны К.Острожского и православной шляхты, была объявлена уния, и большинство православных иерархов (за исключением 2 владык) во главе с киевским митрополитом Михаилом подчинились папе.
6 октября 1596 года начали собор и православные архиереи под председательством экзарха Константинопольского патриарха Никифора и при деятельном участии К.Острожского.
Большинство низшего духовенства и верующих остались верными православию. Сигизмунд III, опираясь на решение собора, объявил православною церковью только тех, кто принял унию, а отвергших унию просто игнорировал.
Русское население восприняло унию довольно враждебно, считая её вероотступничеством. Начались брожения казаков, переросшие в открытое восстание Наливайко, чьи загоны проникали и глубоко в Белоруссию. К.Острожский так и не решился возглавить православное восстание, пытаясь убедить Сигизмунда III в ошибочности его курса и даже сдерживал активные действия православных, осуждая в том числе и действия Наливайко.
Восстание Наливайко потерпело поражение. После смерти К.Острожского в 1608 году православные лишились своего лидера. Сигизмунд III и его иезуитско-католическое окружение перешли в открытое наступление на православие.
Первоначально позиции русского языка были ещё достаточно сильными. Не зря в 1621 году К.Пашкевич писал, что «Польша цветёт латинством, Литва цветёт русскостью». Однако постепенно стала сужаться и сфера русского языка. Даже в униатских храмах, где в пику православным начали проводить богослужения не на церковно-славянском языке, а на русском, постепенно всё чаще стали звучать польские фразы и выражения.
Начался и новый виток антиправославной деятельности центральных и местных властей. Насильно закрывались православные церкви, школы, участников православных братств отлучали от церкви, православных священников угрозами заставляли принимать унию. Нередки были и случаи избиений православных священников. Особенно отличился на ниве борьбы с православием униатский полоцкий епископ Иософат Кунцевич. Более 5 лет он продержал закрытыми все православные храмы в Орше, Могилёве, Витебске и Полоцке. Православные горожане вынуждены были слушать службы за городом, зачастую и без священника – ему запрещалось жить в городе и округе. В Полоцке Кунцевич, узнав, что, несмотря на его запрет, на кладбище похоронили людей по православному обычаю, пришёл в ярость, велел выкопать трупы и бросить их собакам. В своих речах этот фанатик-униат не раз подчёркивал, что он «волен топить неуниатов и сечь им головы». Подобное поведение Кунцевича привело к взрыву народного возмущения – в 1623 году в Витебске при попытке Кунцевича расправиться с православным священником горожане ворвались в дом униатского епископа, убили его, проволокли по улицам города и утопили в Западной Двине. Волнения начались в Полоцке, Могилёве, Минске, Орше.
Властям с трудом удалось их подавить и, хотя зачинщики были казнены, а Витебск лишился Магдебурского права, было ясно, что такими крайними методами, которыми действовал Кунцевич, можно было принести больше вреда для унии, нежели пользы. К тому же после воцарения в 1613 году в Москве Михаила Романова у поляков стали постепенно исчезать иллюзии быстрого завоевания всей православной Руси, которые были особенно популярны в смутное время Лжедмитриев.
Однако Сигизмунд III упрямо стоял на своём, и постепенно это начало приносить свои плоды. К окончанию его правления в Минске из 13 бывших православных храмов в руках у униатов оказалось 12. Униаты захватили знаменитый Жировичский монастырь и полоцкий Софийский собор. В Витебске активно действовали католические и униатские храмы, а у православных остался лишь Марков монастырь, расположенный в 2 километрах от города. Православие покинули все знаменитые магнатские роды, в том числе и Острожские. Большинство средней шляхты быстро ополячивалось и окатоличивалось. Мелкая шляхта, как правило, переходила в униатство. Русское население Белоруссии сохранило в своей массе православную веру и язык своих предков, шляхта же постепенно и в языковом, и в религиозном плане теперь значительно отличалась от подконтрольного ей крестьянства. Стали слабеть православные братства, так как вся их сила заключалась в активной поддержке православного дворянства, которого становилось всё меньше.
После смерти в 1632 году Сигизмунда III православные, используя опыт прошлых периодов безвластия в Речи Посполитой, попытались вернуть свои права.Духовным лидером православного движения стал Пётр Могила, бывший тогда архимандритом Киево-Печерской Лавры. Конвокационный сейм 1632 года после избрания сеймового маршалка Христофора Радзивилла — кальвиниста по вероисповеданию, пошёл на ряд уступок православным и протестантам, уступив их давлению. Однако решения были половинчатыми и даже близко не возвращали православным тех прав, которые у них были до Люблинской и Брестской уний. На избирательном сейме 1632 года православные послы при поддержке протестантов заявили, что не приступят к обсуждению государственных дел, пока православным не будут возвращены все те права, которые были отняты у них после унии. Владислав, которого должны были избрать королём, рассчитывал на поддержку православных. Он не любил иезуитов, а кроме того, не оставлял надежды оказаться на московском троне. Поэтому, несмотря на протесты папы и польских католиков, Владислав IV во время коронационного сейма 1633 года поддержал требования православных. Но юридические права, возвращённые православным, так и не стали фактическими. Продолжалось давление католиков и униатов, чему немало способствовали и призывы из Рима.
На почве притеснения православия в тридцатых годах XVII века подняли восстание казаки Павлюка и Острянина (в 1637 и 1638 годах), но поляки подавили восстание, и национально-религиозный гнёт усилился ещё больше. Закрытые православные храмы, которые были не нужны униатам, сдавались евреям в аренду. В это время становится всё очевиднее, что крупные магнаты и шляхта уже мало подчиняются королю – во всяком случае, при всём своём желании Владислав IV не мог обуздать их самовольства, хотя и понимал, что Речь Посполитая понемногу начинает напоминать пороховую бочку.
И взрыв не замедлил произойти. В 1648 году началось восстание Богдана Хмельницкого, переросшее впоследствии в полномасштабную гражданскую войну в Речи Посполитой, а затем и войну Речи Посполитой с Россией. Одержав серьёзные победы над польскими войсками под Жёлтыми водами и Корсунем, Хмельницкий начинает рассылать по всем русским землям Речи Посполитой универсалы – специальные письма, в которых говорилось о том, что казаки сражаются против польской шляхты, восставшей против короля и угнетающей православных. На юг Белоруссии вступают казацкие загоны Кривошапки, Головацкого, Небабы и др. Хмельницкий отправляет посольство к Владиславу IV, но король умирает. Избирательный сейм, назначенный на 6 октября 1648 года, происходил под влиянием побед Хмельницкого, который от Белой Церкви двинулся вглубь Польши, истребляя попадавшиеся ему польские отряды. Восставшие повсеместно крестьяне производили избиение панов, ксендзов, католических монахов и евреев. Скрываемое долгое время раздражение русского народа против своих притеснителей прорвалось теперь наружу и сопровождалось жестокой расправой по отношению ко всему католическому и польскому. Отряды Хмельницкого овладели Гомелем, Лоевым, Чечерском, Бобруйском, Мозырем, Туровом, Пинском, Кобриным. Юг Белоруссии (кроме Слуцка и Старого Быхова, где стояли мощные правительственные гарнизоны) оказался полностью в руках казаков. Бегство шляхты приобрело массовый характер – паны с семьями спешно покидали ВКЛ, спасаясь в городах Короны. Собрав ополчение из хорошо вооружённой шляхты и набрав наёмников, гетман Я.Радивилл выступил навстречу казакам и обложил Пинск. Горожане отказались сдаться. Взяв город, солдаты Радивилла убили свыше 3 тысяч жителей. После взятия Пинска польско-литовское войско опустошило весь юг Белоруссии, стремясь подавить восставшее русское население и не допустить объединение отрядов белорусских крестьян и мещан с казаками Хмельницкого. В Турове, Давид-Городке, Чечерске и Мозыре были перебиты все жители, поддержавшие казаков. Особенной жестокостью Радивилл отметился в Бобруйске – 800 человекам отрубили руки, множество православных жителей подверглось пыткам. Хмельницкий направил на помощь белорусам казачьи загоны Голоты и Подобайлы. 31 июля 1649 года под Лоевым произошла самая крупная битва войны 1648-1651 годов на территории Белоруссии. В упорной битве польско-литовское войско нанесло казацко-крестьянским отрядам поражение, что привело к постепенному затуханию повстанческого движения в Белоруссии.
Хмельницкий уже не мог оказать серьёзной помощи православным Княжества, так как готовился к битве с войсками польской Короны. 5 августа под Зборовым казаки разбили польское войско под предводительством короля. Неудача принудила польское правительство вступить в новые переговоры с казаками и на этот раз быть более уступчивыми. 9 августа был заключен так называемый Зборовский договор, который помимо всего прочего предусматривал значительные уступки православным, в том числе и предоставление киевскому митрополиту места в сенате.Сейм назначен был на 22 ноября 1649 года. Католическая партия и слышать не хотела об уступках православным. Короля винили в потакании казачеству. Католические бискупы в пункте о допущении православного митрополита в сенат видели оскорбление латинства и нарушение старинных прав римско-католического духовенства и решительно заявили, что они тотчас же оставят сенат, если в него войдет киевский митрополит. Митрополит Сильвестр Коссов и православные вынуждены были отказаться от своего требования. Вместе с тем, согласно королевскому диплому, православным возвращали ряд монастырей. Витебский епископ должен был получить в своё владение половину имений Полоцкого униатского епископа. Сейм оказался очень бурным и затянулся до января 1650 года, но так и не прекратил враждебных отношений между католиками и православными. Все готовились к новой войне. В конце 1650 года король созвал новый сейм, но и он не имел успеха.
Военные действия, возобновившиеся весной 1651 года, оказались крайне неудачными и для казаков, и для православных в целом. 20 июня 1651 года запорожцы потерпели серьёзное поражение под Берестечком. Поляки захватили всю Украину, и Хмельницкий 17 сентября 1651 года заключил Белоцерковский мир, результаты которого во многом возвратили прежние привилегии католикам.
Хотя православное восстание в Белоруссии потерпело поражение, на Украине боевые действие продолжались вплоть до 1653 года. Видя невозможность победы, Хмельницкий обратился за помощью к царю Алексею Михайловичу. К этому времени Москва, выдержав натиск Речи Посполитой, была готова к освобождению своих русских единоверцев на Западе. В Белоруссии на Украине началось встречное движение, так как и православной шляхте, и казакам, и простым жителям стало ясно, что самостоятельно им от польско-католического гнёта не избавиться.
Земский собор 1653 года принял Запорожское казачье войско в подданство русского царя. 8 января 1654 года Переяславская Рада – военный совет русских воевод и казацкой старшины во главе с Хмельницким - бесповоротно подтвердила, что Украина переходит в русское подданство. Решения Переяславской Рады стали основанием для освобождения Белоруссии. Москва открыто заявила о своих правах на древнерусские земли Западной Руси. Начался совершенно новый исторический этап.