Новая операция пакистанской армии против талибов в Южном Вазиристане, начавшаяся 17 октября, заострила вопрос о возможных её последствиях для расположенных недалеко от основного района боёв государств Центральной Азии. В отличие от предыдущих операций, когда боевые действия велись крайне осторожно, а власти скорее предпочитали договариваться с талибами, на этот раз пакистанская армия настроена решительно. Наступление ведется с трех направлений силами 2-х дивизий общей численностью около 30 тыс. солдат при поддержке авиации и артиллерии и будет продолжаться в течение 2-х месяцев. По оценкам, отряды пакистанских талибов располагают 10-12 тыс. бойцов. Еще до начала военных действий район боев покинули около 100 тыс. мирных жителей, опасающихся за свою жизнь.
Именно действия пакистанской армии против талибов в долине Сват, начавшиеся в мае 2009 года, привели к вытеснению части базировавшихся здесь иностранных наемников в граничащие с Афганистаном государства Центральной Азии. В мае этого года на востоке Таджикистана появился отряд бывшего полевого командира Объединенной таджикской оппозиции Мулло Абдулло (Рахимова) численностью около 100 чел. Операция таджикских спецслужб, проводившаяся против него вплоть до начала августа под видом борьбы с производством наркотиков, привела к ликвидации части отряда. О судьбе самого Мулло Абдулло до сих пор ничего не известно. В конце мая было совершено ночное нападение на узбекский пограничный блок-пост в Ханабаде на границе с Киргизией, а затем несколько взрывов с участием смертников прогремели в областном центре Андижане. В июле две операции по ликвидации боевиков были проведены в Южной Киргизии. Все эти инциденты связывают с возвращением части боевиков, базировавшихся в афгано-пакистанском приграничье, на территорию стран Центральной Азии.
В Узбекистане ситуация к концу лета – началу осени тоже обострилась. По республике прокатилась волна преступлений против высокопоставленных религиозных деятелей, а вслед за этим – серия вооруженных столкновений и арестов предполагаемых преступников. По информации «Ферганы.ру», 16 июля у входа в подъезд своего дома в Ташкенте был убит заместитель директора медресе «Кукельдаш» по вопросам просвещения Аброр Аброров. 31 июля было совершено покушение на главного имама-хаттыба Ташкента Анвара-кори Турсунова, которому однако удалось выжить. По мнению его последователей, покушение было связано с критикой им радикальных исламских организаций, включая ваххабитов и представителей «Хизб ут-Тахрир». 9 августа в Ташкенте был убит сотрудник управления по борьбе с терроризмом и коррупцией МВД Узбекистана Хасан Асадов, входивший в объединенную следственную группу МВД, СНБ и Генпрокуратуры по расследованию нападений на религиозных деятелей. В конце августа по подозрению в покушении на Анвара-кори Турсунова были задержаны 16 торговцев с «Паркентского» рынка Ташкента, обвиненных в принадлежности к радикальной религиозной группировке «Джихад».
3 августа в Кашкадарьинском областном суде по уголовным делам начался процесс по делу группы из одиннадцати жителей города Шахрисабза и Китабского района Кашкадарьинской области, которые обвиняются в причастности к «Исламскому движению Узбекистана», «Исламскому джихаду» и «Ливийскому джамоату». 29 августа в ходе спецоперации в ташкентском районе Кукча-Дарбаза были убиты трое боевиков, отказавшихся сдать оружие и оказавших вооруженное сопротивление правоохранительным органам. По версии Генеральной прокуратуры Узбекистана, именно эти люди были причастны к покушениям на религиозных деятелей. Кроме того, по неофициальным данным, 10 августа произошли взрыв и перестрелка возле здания министерства обороны Узбекистана, а 8 сентября – вооруженное столкновение с боевиками на ташкентской улице Буюк Ипак Йули, участники которого позднее были уничтожены узбекскими силовиками.
В октябре признаки военно-политической нестабильности обозначились в Центральной Азии повсюду. По информации Пограничной службы Кыргызстана, ночью 14 октября неизвестная вооруженная группа в составе примерно восьми человек прорвалась через киргизскую границу со стороны Таджикистана в районе пограничной заставы «Кок-Таш» и скрылась на территории Баткенской области Киргизии. При попытке задержать нарушителей они оказали пограничникам вооруженное сопротивление. На следующий день стало известно, что следы этой вооруженной группы ведут к таджикскому анклаву Ворух, расположенному на территории Баткенской области Киргизии. 18 октября таджикские силовики провели в Ворухе и граничащей с Баткенской Согдийской области обыски, обнаружив в городе Исфара шестерых боевиков. В ходе завязавшейся перестрелки четверо из них были уничтожены. 19 октября в Ворухе были арестованы еще четыре участника порвавшейся из Киргизии вооруженной группы. По предварительным данным таджикских спецслужб, нейтрализованные боевики являлись членами Исламского движения Узбекистана.
Точная численность боевиков из Центральной Азии, находящихся в Зоне племен (афгано-пакистанское пограничье), неизвестна. В середине сентября западные СМИ сообщили, что в Северном и Южном Вазиристане скрываются около пяти тысяч узбекских боевиков. Прогнозируя их поведение в случае успешного завершения операции пакистанской армии, российский аналитик В.И. Сотников предполагает, что им вряд ли удастся раствориться среди местного населения, как это сделали пуштуны в долине Сват. Искать спасения они будут или на территории Афганистана, где их ждут американские войска, или в небольших деревнях афгано-пакистанского приграничья. И та и другая возможность не позволят укрыться достаточно большому количеству боевиков, поэтому они, скорее всего, будут пытаться вернуться на родину и «найти применение» своим силам там. В результате «возникает реальная угроза роста исламистского джихада и террористической активности на южных рубежах РФ – в Центральной Азии (Узбекистан, Таджикистан, Туркменистан) и на российском Северном Кавказе (Чечня, Северная Осетия, Дагестан)».
Стоит добавить, что обострение военно-политической ситуации в странах Центральной Азии наблюдается как минимум с мая нынешнего года, причем наиболее тяжелое положение складывается в Узбекистане, где количество терактов и вооруженных столкновений за последние месяцы было максимальным. В случае массового возвращения узбекских боевиков на родину отдельные вооруженные столкновения могут приобрести характер партизанской войны, хорошо знакомой по опыту гражданской войны в Таджикистане.